Debido a esta situación el núcleo de la iglesia de Uzbekistán se encuentra en las iglesias-hogar, casas convertidas en lugares de culto, donde un pequeño grupo de cristianos se reúnen para adorar a Dios de la forma más básica pero quizás más fiel a los inicios de la iglesia primitiva.

Según Forum 18, entidad sin ánimo de lucro cuyo objetivo principal es monitorear la situación de Asia central en materias de libertad religiosa, miembros de diferentes comunidades cristianas de Uzbekistán han protestado debido a la presión y persecución que están sufriendo por parte de las autoridades a nivel administrativo. Muchos acusan a los organismos encargados de regular los lugares de culto de colocar trabas sin argumentos reales con el fin de no conceder inscripciones a nuevas iglesias del país.